Saludablemente se estructura en tres órganos principales: el Congreso, como órgano soberano donde participan todos los miembros; la Comisión Ejecutiva, encargada de la dirección y gestión diaria; y el Consejo Federal, que coordina la actividad entre las distintas Delegaciones repartidas por el territorio nacional. Saludablemente es una organización democrática, horizontal y participativa.